La Reserva Natural Volcán Mombacho está compuesta por un sistema geológico de un volcán casi dormido.

Cubierto desde la base hasta la cumbre con 5 diferentes ecosistemas bien definidos: 1) Bosque Tropical Seco Caducifolio (40 a 300 msnm), 2) Bosque Tropical Premontano Semi-Caducifolio (300 a 800 msnm), 3) Bosque Tropical de Nebliselva (800 a 1345 msnm), 4) Bosque Enano, Frío y Húmedo (1000 a 1345 msnm), y 5) Cafetal de Sombra (240 a 850 msnm).

Los pisos altitudinales desde la costa del lago Cocibolca hasta los parches enanos en las cumbres, hacen un excelente ecosistema único en el Pacífico Sur de Nicaragua.