La Fauna silvestre es muy rica en diversidad. Lo principal ha sido el descubrimiento de endemismos (especies que ocurren sólo en ese sitio a nivel mundial) de especies como la salamandra (Bolitoglossa mombachoensis) y la orquídea (Maxillaria mombachoensis). Esta reserva es hogar de 173 especies de aves (37 migratorias), 36 especies de reptiles, 10 especies de anfibios, y 47 especies de mamíferos.
En insectos consta de varios miles de especies entre ellas una mariposa (Napeogenes tolossa mombachoensis), el cual es un endemismo comparativo con otras zonas de Nicaragua.
En aves, consta de 186 especies, de las cuales 129 son especies residentes, 46 son migratorias del norte, 6 son residentes y migratorias, 2 migratorias del sur, y 3 en tránsito.
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