Debido a la deforestación acelerada en los últimos 20 años en el Pacífico y centro de Nicaragua, enteros cerros boscosos están despalados. El Volcán Mombacho es uno de los pocos en contener 5 ecosistemas en una rica flora o cobertura vegetal desde el Lago de Nicaragua hasta la cumbre. La vegetación es rica en diversidad de familias botánicas esparcidas en las elevaciones topográficas. Mucha investigación queda por hacer. Volcán Mombacho cuenta con más de 700 especies de plantas, entre ellas más de 120 especies de orquídeas.
